Высшим органом Академии является конференция, созываемая ежегодно по решению Президиума МАНЭБ с учетом предложений и мнений руководителей отделений и научных секций.
   Между конференциями работой Академии руководит Президиум МАНЭБ, возглавляемый Президентом МАНЭБ. Текущую работу выполняют члены Бюро Президиума МАНЭБ. В Бюро Президиума входят: президент, вицепрезидент, руководители научных секций, ученый секретарь и секретарь-референт, исполнительный директор.
  В Президиум МАНЭБ входят руководители всех действующих отделений.
  Работа в Академии ведется по годовым и перспективным (пятилетним) планам, в которые включаются предложения отделений и научных секций.